Pengajuan Paten dan HAKI dari Peneliti Pergurun Tinggi juga menjadi hal penting, karena merupakan salah satu Indicator Kinerja Peneltian baik, di tingkat Universitas maupun Kementerian.
Berkaitan dengan hal dimaksud, maka beberapa Hak Paten yang telah berhasil diproses oleh Lembaga Penelitian Universitas Pattimura tahun 2013 adalah :
| Nomor Pemohon | Judul Invensi | Tanggal Penerimaan |
| P00201201205 | Cool box bergerak untuk pendinginan ikan menggunakan sumber tenaga listrik Aki (Accu) | 27 Juni 2013 |
| P00201304694 | Komposisi pengawet ikan segar dari serbuk atung (parinarium glaberimum, hassk) | 29 November 2013 |