Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Pattimura memfokuskan pada isu-isu strategis yang berkaitan dengan tata kelola, pembangunan, dan kesejahteraan sosial di wilayah kepulauan Maluku. Berikut adalah beberapa isu utama yang menjadi perhatian pada Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, yaitu: