Keberadaan Lembaga Penelitian Universitas Pattimura secara institusional tidak terpisahkan dari Sejarah keberadaan Universitas Pattimura sebagai institusi Induk yang menempatkan Lembaga Penelitian sebagai bagian integral kepentingan Universitas dalam menerjemahkan fungsi-fungsi tridharma perguruan tinggi di mana aspek penelitian (riset) merupakan salah satu bagian sistematis pendidikan dan pengabdian kepada masyarakat.
Universitas Pattimura sendiri dikukuhkan sebagai Universitas Negeri dengan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Republik Indonesia Nomor 99 Tahun 1962 tanggal 8 Agustus 1962, disahkan dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 66 Tahun 1963 Tanggal 23 April 1963 dan berlaku surat tanggal 1 Agustus 1962 dengan nama Universitas Pattimura.
Lembaga Penelitian Universitas Pattimura pada awalnya terinstitusionalisasi dalam bentuk Biro Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat (P2M) yang memiliki hubungan vertikalis dengan Rektor Universitas Pattimura. Kemudian mengalami penyesuaian status menjadi Pusat Penelitian Universitas Pattimura yang berkolerasi dengan perkembangan dan dinamika kebutuhan institusi perguruan tinggi maupun permasalahan yang dihadapi oleh masyarakat maka status pusat penelitian ditingkatkan menjadi Lembaga Penelitian.
Berikut ini merupakan gambaran kepemimpinan mulai dari institusi sebagai Pusat Penelitian sampai berkembang menjadi Lembaga Penelitian, yakni: